Aloimunitní, neboli izoimunitní, neutropenie novorozenců se u plodu vyskytuje v důsledku antigenní nekompatibility neutrofilů plodu a matky. Matčiny izoprotilátky patří do třídy IgG, pronikají placentární bariérou a ničí neutrofily dítěte. Izoprotilátky jsou obvykle leukoaglutininy, reagují s buňkami pacienta a jeho otce, s buňkami matky nereagují.