Nejčastějšími indikacemi k transplantaci rohovky jsou bulózní keratopatie (pseudofakická, Fuchsova endoteliální dystrofie, afakická), keratokonus, transplantace nové tkáně, keratitida (virová, bakteriální, plísňová, akantamébová, perforační) a stromální dystrofie rohovky.