Lidský papilomavirus představuje vážnou hrozbu. Diagnostika je nezbytná k určení kmene infekce a rizika její onkogenicity. Tyto informace nám umožňují formulovat nejvhodnější a nejúčinnější léčebný plán.
Diagnostika chlamydií pomocí PCR je nejcitlivější a nejspecifičtější metodou ze všech, které se v současnosti používají v laboratořích. Citlivost metody je 95–97 % a specificita 95–98 %.
Mykoplazmata jsou považována za oportunní patogeny. Perzistují a parazitují na membránách epiteliálních buněk a mohou být lokalizována extra- i intracelulárně.
PCR umožňuje přímo stanovit přítomnost gonokokové DNA a kvantitativně vyjádřit jejich koncentraci ve studovaném materiálu. Studovaným materiálem může být sputum, lavážní tekutina, moč, punktáty z různých orgánů a cyst atd.
Diagnostická citlivost PCR pro detekci Helicobacter pylori v biopsiích žaludeční sliznice je 88–95,4 %, specificita je 100 %; v koprofitratech 61,4–93,7 % a 100 %.
Na rozdíl od sérologických metod diagnostiky tuberkulózní infekce, které detekují protilátky proti Mycobacterium tuberculosis, PCR umožňuje přímou detekci DNA Mycobacterium tuberculosis a kvantitativní vyjádření jejich koncentrace v testovaném materiálu.
V poslední době se k diagnostice herpes infekce používá detekce DNA HSV 1 a 2 v materiálu z vezikul a vředů kůže nebo sliznic (včetně spojivky oka) pomocí metody PCR (velmi citlivá, specifická a rychlá diagnostická metoda).
Přímé kvantitativní stanovení HIV RNA pomocí PCR umožňuje přesnější predikci rychlosti progrese onemocnění u HIV-infikovaných jedinců než stanovení počtu CD4+ buněk, a proto přesnější posouzení jejich přežití. Vysoký počet virových částic obvykle koreluje s těžkým poškozením imunity a nízkým počtem CD4+ buněk.