Hlavní směry léčby myokarditidy jsou určeny hlavními články patogeneze myokarditidy: zánětem vyvolaným infekcí, nedostatečnou imunitní odpovědí, smrtí kardiomyocytů (v důsledku nekrózy a progresivní dystrofie, myokarditické kardiosklerózy) a poruchou metabolismu kardiomyocytů. Je třeba vzít v úvahu, že u dětí se myokarditida často vyskytuje na pozadí chronické fokální infekce, která se stává nepříznivým pozadím (intoxikace a senzibilizace organismu) a přispívá k rozvoji a progresi myokarditidy.