Nejčastější příčinou pyelonefritida - zástupci Entembacteriaceae rodina (gram-negativní tyčinky), z nichž coli účet Escherichia asi 80% (akutní nekomplikovaná proud), alespoň jako budič vyčnívají Proteus spp, Klebsiella spp, Enterobacter spp, Citrobacter spp ....