Hlavní význam pro diagnostiku poškození ledvin při infekční endokarditidě je Echokardiografie, při níž je zjištěna vegetace na srdečních chlopních. V případě sporné výsledky transtorakální echokardiografií (citlivost metody, pokud jde o vegetační diagnóze je 65%), je nutné, aby jícnovou echokardiografie (citlivost se rovná 85-90%).