Nejčastěji pseudomembranózní kolitida se vyvíjí pod vlivem dlouhodobého užívání antibiotik ampicilinu, linkomycin, klinda-mitsina, cefalosporiny, nejméně - penicilin, erytromycin, chloramfenikol, tetracyklin. Clostridium difficile - sporulující grampozitivní anaerobní bacil, který je schopen produkovat dva typy exotoxiny toxinu A a toxinu B existují čtyři hlavní důvody pro rozvoj pseudomembranózní kolitidy spojené s C. Difficile.