Etomidát je karboxylovaný derivát imidazolu. Skládá se ze dvou izomerů, ale pouze 11(+)-izomer je účinnou látkou. Stejně jako midazolam, který obsahuje imidazolový kruh, podléhají léky při fyziologickém pH intramolekulárnímu přesmyku, v důsledku čehož se kruh uzavře a molekula se stává rozpustnou v lipidech.