Parenterální dyspepsie je spojena s akutními onemocněními mimo gastrointestinální trakt (patologie dýchacího, kardiovaskulárního, močového a dalších systémů), kdy je gastrointestinální trakt postižen intoxikací, hypoxií, poruchami krevního oběhu, změnami v centrálním nervovém systému a autonomním nervovém systému, zhoršenou motilitou a objevuje se střevní dysfunkce.