H. influenzae jsou gramnegativní pleomorfní tyčinkovité nebo kokovité buňky o rozměrech (0,2-0,3) x (0,5-2) µm. V nátěrech se vyskytují jednotlivě nebo ve dvojicích, někdy i ve formě krátkých řetězců a skupin. Na hustých médiích tvoří malé (do průměru 1 mm) kulaté bezbarvé kolonie. Mikroorganismy jsou nepohyblivé, netvoří spory, ale je možná tvorba kapsulárních forem, s nimiž jsou spojeny patogenní vlastnosti. Patogen produkuje endotoxin, jehož nosičem jsou kapsulární polysacharidy.