Kauzální činidlo virové encefalitidy přenášené klíšťaty patří do rodu Flaviviruses. Virion má sférický tvar, průměr 40-50 nm, obsahuje RNA, dobře se rozmnožuje v mnoha tkáňových kulturách. Z laboratorních zvířat jsou vůči viru nejvíce citlivé bílé myši, křečci, opice, bavlníkové krysy. Citlivý na klíšťovitou encefalitidu a mnoho domácích zvířat.