Původce virové encefalitidy přenášené klíšťaty patří do rodu flavivirů. Virion je kulovitý, o průměru 40-50 nm, obsahuje RNA a dobře se množí v mnoha tkáňových kulturách. Z laboratorních zvířat jsou na virus nejcitlivější bílé myši, křečci, opice a bavlníkové krysy. Na virus klíšťové encefalitidy je náchylných i mnoho domácích zvířat.