Léčba meningokokové infekce závisí na klinické formě onemocnění. V případě nazofaryngitidy je terapie symptomatická. Pokud je diagnóza potvrzena bakteriologicky, používá se benzylpenicilin, ampicilin, cefalosporiny první a druhé generace, chloramfenikol, pefloxacin v průměrných terapeutických dávkách po dobu 3 dnů. Neměl by se používat kotrimoxazol a aminoglykosidy, vůči kterým je většina v současnosti existujících kmenů meningokoků rezistentní.