Klinická diagnóza je spolehlivá pouze v případě lobární pneumonie, nicméně pravděpodobnost pneumokokové etiologie komunitní pneumonie, otitidy, sinusitidy je 60-80°. Diagnózu lze ověřit pouze na základě výsledků mikrobiologického vyšetření odpovídajícího biosubstrátu: v případě rýmy - výtok z nosu (stěr), v případě otitidy, sinusitidy - hnisavý exsudát, v případě pneumonie - sputum, v případě meningitidy - mozkomíšní mok.