Určení příčinného činitele je rozhodující pro potvrzení diagnózy pneumocystózy. Základním materiálem pro studium - sputa, bronchiální sekrece, promytí získané promytím průdušek nebo bronchoalveolární laváž, plicní tkáň plátky pořízena transbronchiální, perkutánní nebo otevřené biopsii. Nejčastěji kvůli závažnému stavu pacienta nejsou tyto manipulace prováděny, aby se zabránilo komplikacím.