Znepokojeni těmito příznaky klíšťové encefalitidy pacienti zahrnují bolesti hlavy, slabost, malátnost, zimnice, návaly horka, pocení, nevolnost, bolest v oční bulvy, a světloplachost, nechutenství, bolesti svalů, kostí, páteře, v horních a dolních končetinách , v dolní části zad, v krku a v kloubech.