Komplikace žlučových cest po transplantaci jater se vyvíjejí v 10–20 % případů. Patří mezi ně striktury, únik žluči, píštěle a cholangitida. Mohou být pozorovány striktury anastomóz způsobené technickými chybami, zánětem v důsledku úniku žluči a fibrózy a striktury nesouvisející s anastomózami, vytvořené nad anastomózou směrem k porta hepatis, v některých případech způsobené ischemií žlučovodu.