V kongenitální CMV infekce plodu závisí na povaze porážce období infekce. Akutní cytomegalovirové infekce u matky v prvních 20 týdnech těhotenství může vést k závažným onemocněním plodu, jehož výsledkem jsou spontánní potrat, fetální smrt, mortvorozhdenie, vady, ve většině případů, neslučitelné se životem. Po infekce cytomegalovirus v pozdějších fázích těhotenství prognózy pro život a normální vývoj dítěte, je-li výhodnější.