Všechny probiotika jsou rozděleny do několika skupin, v závislosti na tom, jaký je základ klasifikace. Probiotická kompozice může obsahovat několik složek, v této souvislosti jsou izolovány jednokomponentní přípravky, které mají pouze jeden specifický druh bakterií. Tyto mikroorganismy jsou nepochybně užitečné pro střeva, zejména pro mikroflóru.