EEG analýza se provádí během záznamu a nakonec po jeho dokončení. V době záznamu je hodnocena přítomnost artefaktů (zaostření pole síťového proudu, mechanické artefakty pohybu elektrod, elektromyogram, elektrokardiogram apod.), Přičemž je nutno přijmout opatření k jejich odstranění. Vyhodnocuje se frekvence a amplituda EEG, identifikují se charakteristické grafové prvky, určí se jejich prostorové a časové rozložení.