HCV genom obsahuje kladně nabitou jednovláknové RNA, která kóduje strukturní 3 (nukleokapsidový protein jádra a nukleoproteiny E1-E2 obálka) a 5 strukturální (NS1, NS2, NS3, NS4, NS5) proteinů. Každý z těchto proteinů jsou syntetizované protilátky v krvi u pacientů s hepatitidou C,