Stanovení protilátek proti štítné žlázy mikrosomální frakce se používá k diagnostice autoimunitní hypotyreózy a tyreoiditidy, ve kterém hladina protilátek v krvi se zvyšuje. Protilátky proti mikrosomů štítné žlázy tvoří imunitní komplexy na povrchu buněk, aktivaci komplementu a cytotoxických lymfocytů, což vede k destrukci buněk a tvorby zánětlivého procesu v štítné žláze.